Taikatytöksi ryhtyvä pääsee toteuttamaan suurimman toiveensa. Taikatyttöjen kohtalona on kuitenkin taistella epätoivoa ja murheensiemeniä kylväviä noitia vastaan, ja lopulta he muuttuvat itsekin sellaisiksi. Tämä karmiva ketju, joka ehti toistua niin monta kertaa, loppui viimein Madoka Kanamen uhraukseen, josta syntyi uudenlainen maailma. Taikatyttöjen taistelu kuitenkin jatkuu. Homura Akemi kieltäytyy unohtamasta Madokaa ja jatkaa yksin kamppailuaan. Hänen tunteistaan syntyykin täysin uusi tarina...

Madoka Kaname, Universumin lakien pilariksi päätynyt taikatyttö, sekä Sayaka Miki, joka menetti henkensä taikavoimiensa ehtyessä, ilmestyvät Homuralle. Mikä merkitys näiden kahden, joiden ei tulisi enää olla laisinkaan olemassa, näyttäytymisellä on? Tietääkö totuuden uusi taikatyttö Nagisa Momoe? Entä  mikä uhka vaanii maailmaa?