Nemo on pikkuinen klovnikala, jota isä yrittää suojella kaikilta vaaroilta. Kun Nemo isän kielloista huolimatta karkaa koralliriutan ulkopuolelle, se joutuu sukeltajan haaviin ja vangiksi ihmisten akvaarioon. Isän ei auta muu kuin lähteä jännittävälle pelastusretkelle valtameren poikki. Seurana hänellä on uskollinen mutta huonomuistinen ystävänsä Dori.