Jossakin merellä on veden kansan rakentama Meren temppeli, joka kätkee sisälleen meren kruunun.

Salaisen mekanismin suojaamana temppeli ajelehtii maailman valtamerillä odottaen löytäänsä...

Ash ja Pikachu saavat vihiä temppelin legendasta ja tapaavat Pokémon Ranger Jackien. Tämän tehtävänä on suojella salaperäisen Pokémonin, Manaphyn, munaa ja saattaa kuoriutunut Manaphy meren temppeliin. Pahamaineinen merirosvo Phantom aikoo anastaa meren kruunun ja valloittaa maailman, ja tarvitsee sitä varten Manaphyn munan. Ash ja Pikachu ajautuvat mukaan kamppailuun Meren temppelin aarteesta!