Maze Runner-trilogian kolmannessa osassa Thomaksen henkeäsalpaava tarina jatkuu. Poltetun maan ylityksen jälkeen Thomas joutuu uuteen karmivaan ihmiskokeeseen. Hänen aivojaan on käsitelty niin, että ihmiskokeen taustalla olevan PAHA- organisaation edustaja ohjaa ja kontrolloi häntä. Hänen muistonsakin on pyyhitty pois. Thomas onnistuu kuitenkin saamaan osan muistoistaan takaisin, mutta ne ovat liian piinallisia. Muistojensa rippeiden voimalla hän pakenee uhkarohkeiden ystäviensä kanssa ja yrittää pelastaa sen, minkä vielä voi.