Varjonen ja Uusnatsit toinen osa jatkaa siitä mihin ensimmäinen osa päättyi. Team Varjonen tutustuu Hampurin nähtävyyksiin ja joutuu siinä ohessa selkkauksiin alamaailman kanssa ennen kuin kotimatka pääsee alkamaan. Merimatkan aikanakin sattuu ja tapahtuu yhtä ja toista ennen kuin Varjonen Ldt Cruisersin risteilijä on turvallisesti kotisatamassaan.