Kuinka syvä meri on? Missä valaat nukkuvat? Emmalla on monta tärkeää kysymystä, mutta äiti haluaa vain ottaa söpöjä kuvia Emmasta. Emma lopettaa äidille puhumisen, ja muuttaa omalle saarelleen Aimo-orangin kanssa. Aimo on hyvä kuuntelija, he puhuvat kukkuloista, valtameristä ja valaista. Mutta eräänä päivänä saari yhtäkkiä etääntyy muista saarista. Se matkaa kartaston sivuilla kohti valtameren syvintä kohtaa. 

Maija Hurmeen Yksinäisten saarten kartasto on herkkä tarina äidin ja tyttären suhteesta, isoista kysymyksistä ja pienestä tytöstä, joka tutkimusmatkailee mielikuvitusmaissa.